Das Mannersdorfer Wappen zeigt in geteiltem Schild eine Blätterkrone und eine heraldische Rose. Die Blätterkrone soll darauf hinweisen, dass die Herrschaft Mannersdorf 1635-1918 landesfürstlich und Schloss Mannersdorf ein beliebter Aufenthalt der Kaiserin Maria Theresia war. Die Gegenstufenleiste entspricht dem Zeichen für Steinbruch und soll die Kalksteinbrüche symbolisieren. Die Rose wurde ins Wappen aufgenommen, weil das frühere Marktsiegel eine Blume enthält, andererseits steht sie für den Naturpark, der in etwa dem Gebiet des aufgelassenen Karmeliterklosters entspricht. Die Wellenbalken verweisen auf die Mannersdorfer Thermalquelle. Die Wappen- und Fahnenfarben "blau, gelb, rot" enthalten die Landesfarben von Niederösterreich und dem Burgenland.
Verliehen und gesiegelt im Niederösterreichischen Landhaus, am 29. April 1990 durch Landeshauptmann Siegfried Ludwig und Landeshauptmannstellvertreter Ernst Höger.